2015年12月，雲南省人民政府与北京航空航天大學签订战略合作协议，双方拟在人才培養、学科建设、国际交流、创新平台搭建和扶贫开发等方面达成合作。

2017年11月，雲南省人民政府與北航簽署北航入滇合作發展項目協議，明確雙方共建“創新研究院”，重點打造科技創新平台，助推雲南將優勢資源轉化爲現實生産力，譜寫跨越式發展新篇章。

2018年3月，北京航空航天大學雲南創新研究院在雲南省事業單位登記管理局正式注冊成立。

2018年4月，雲南省人民政府成立北航入滇省校合作領導小組，由雲南省副省長董華和北航副校長、中科院院士房建成擔任組長。負責審定雲南省與北航省校合作過程中的重大事項，協調解決北航入滇發展中的重大問題，推進合作協議實施與項目建設。

2018年5月，北航雲南創新研究院舉行成立儀式，雲南省副省長董華與北航副校長、中科院院士房建成共同爲北航雲南創新研究院揭牌。